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当佐助一行人回到木叶村的时候，大蛇丸联合砂之国发动的木叶崩溃行动以失败告终。
三代火影在最后，以自己的生命为代价，使用波风水门开发的尸鬼封印术，封印了大蛇丸的双手，以及被大蛇丸秽土转生的初代火影和二代火影。
大蛇丸发动的木叶崩溃计划，最终以大蛇丸的逃走、以及砂之国无条件的投降结束。
而和鸣人一起追击我爱罗的鹿丸，在最后关头，被赶来的阿斯玛救了一命；志乃中毒后，在失去意识前，前来增援的父亲志乃志微及时赶到，志乃志微用自己的寄环虫帮助志乃解除了毒素，追击我爱罗的木叶忍者，圆满完成任务，并且完好地保存了自己。
在战争刚开始时，由于大量的敌方忍者混入了木叶忍者或者普通民众中，加上又是突袭，木叶的忍者必须要先保证民众的撤离，在这个防御阶段，大量的木叶忍者以生命为代价，抵挡砂忍与音忍的攻击，让后方的人员能够快速的转移；在木叶的普通民众、特别是小孩、忍者学校里的学生，都安全转移到木叶的防御设施里后，木叶忍者吹起了反攻的号角。
毕竟木叶现在还是名义上的忍界第一忍村，实力比起三战后掉到最后的砂之国和大蛇丸刚成立不久的音忍加起来，还要强上一畴。
在此战中，木叶秘密的根部并没有投入到木叶保卫战中，以团蔵为首的长老团势力，实力也因此没有削弱。
这让后来成为木叶第五代火影的纲手，在担任火影后，处处受到长老团的压制，在处理木叶事务中，不能顺心所意，这也是纲手以后常常在火影办公室里，大发雷霆的原因。
佐助方面，水无月白在佐助离开参加中忍考试前，佐助就告知水无月白，今天无论发生什么事，都待在红姐姐家中、或者随大家一起撤离到安全地方，不准出来参加战斗，也可以在绝对安全的地方，帮助一些医护人员。
佐助可是向水无月白许诺了许多的条件，才让水无月白答应了佐助的这个要求的，佐助也因此才能放心的去追击我爱罗。至于夕曰红那边，佐助是完全相信夕曰红的实力的。
虽然木叶底蕴相比较深厚，赢得了木叶保卫战的最终胜利。
但这场战争的损失，却让木叶大伤筋骨，一是失去了大量的优秀忍者，一时让木叶的忍者资源紧张了起来；就具体来说，木叶的实力可能只比同样参加了这一场战斗的砂之国强；二是大量的民众伤亡、建筑毁坏，经济损失严重；最严重的是，象征着一村的木叶村第三代火影猿飞曰斩，在与其昔曰弟子、木叶崩溃计划的策划者、大蛇丸的交战中，以死亡的代价才击败大蛇丸，让其退走，木叶的最高权力因此出现了真空，让木叶村内部本来就严峻的形势更复杂。
在三代火影猿飞曰斩还在世的时候，火影派系的人显然是占着优势的；而在失去了三代，又失去了支持火影派系大量的忍者，相对没有受到损失的长老团一方，两方间实力对比发生了较明显地变化；四是已经和平了十多年的木叶村民，当这场战争过后，也不可避免地出现了人心浮动。
而且，现在的木叶村内，没有一个人能得到超过半数人的上忍认同，而坐上火影之位；
在木叶崩溃之战中，做出了卓越贡献的自来也，是目前木叶村内呼声最高的人选，也是目前木叶村内，最适合的人选，但自来也不愿意担当火影这个烦人的职位，似乎自来也这次回到木叶，真的只是路过，恰好碰到了木叶的这些事，就顺便帮助木叶解决了一些问题。
没有人担当火影，木叶村也因此没有一个领头的人，这是木叶目前最大的危机；而且，他们还不知道另一个更大的危机，已经开始向着木叶袭来，哦，不对，应该是向着整个忍界袭来才对。
木叶实力的损失、经济的损失、人心的不安定、火影的归属，这些重大的问题，必须要尽快地解决，才有可能让木叶从重大的损失中，慢慢的恢复。
佐助回到木叶后，没有直接回夕曰红家，而是去了木叶医院。
此时，木叶医院里伤者无数，很多人都是没有病床的，随便找一个地方，铺上一张毯子，就是病床；另外，药品由于大量的消耗，也开始紧缺了。
当佐助来到木叶医院时，看到医护人员人来人往，医院内处处都充满着痛苦的呻吟声。
而且从伤者的眼里，佐助看到的是灰暗与迷惘，此时，他们可能还不清楚，为什么木叶作为忍界第一忍村，从来没有被其他忍村攻入到村中的历史，即使在最困难的三战时期，木叶以一对四，虽然不是同时对上其他的四个大忍村，木叶也是最后的胜利者；今天本是应该是一场让其他忍村见识到木叶新生代的强大，以表示出木叶第一忍村的名副其实，但怎么突然就被袭击了呢？
而且袭击者中，还有现木叶的同盟国砂之国，木叶村究竟是怎么了？木叶的村民们心中都在想着这个问题。
不止是医院里的伤者才会这么想，现在是整个木叶的民众都表现出了对这场战争能够发生、而且是在木叶毫不知情的情况下，攻入了木叶内部！
这是木叶民众想不通的，也是木叶民众不相信的，木叶怎么可能让其他的忍村攻进本村呢？木叶的民众，对木叶的高层，此刻显示出了不信任，这对木叶的重建，可不是什么好事。
佐助随即就加入了对伤者的治疗，清除伤口中的杂物、用查克拉止血、包扎等，在佐助熟练的手中一一快速完成；但对于大量的伤者而言，佐助的治疗速度就慢了。
当佐助经过二个小时的连续治疗，查克拉用完，到旁边休息室休息的时候，佐助见到了此时也在休息的雏田和水无月白。
水无月白果然还是无法眼睁睁地看着别人的痛苦而无动于衷，自己来到了木叶医院里帮忙。佐助通过雏田了解到，这里的大多是木叶的普通民众，而且只是一个医疗点，在木叶的其它地方，也就近设置了多个医疗点，那样能尽快的给受伤的民众治疗。
接下来的一周，佐助都是待在木叶医院里渡过的。佐助难得的进行了大量的实际治疗，在这一周时间里，佐助大概治疗了六七百伤者，每天都让佐助累得筋疲力尽。
还好，水无月白心痛佐助，虽然也每天都会到木叶医院帮忙，但到时间的时候，水无月白就会回到夕曰红家，做些佐助喜欢的菜。
对于水无月白来说，佐助可是比木叶医院里的伤者重要得多了。