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刘辨比刘协年长，而且是皇后所生，论理太子位置非其莫属。但是刘辨举止轻浮，没有国君应有的威严气质。
刘协自小在永乐宫长大，由董太后悉心抚养，举止端庄，深得灵帝喜爱。再加上其母王美人死于非命，灵帝难免有隐恻之心，因此他心下倾向于立刘协为太子。然而这又有违于立嗣以嫡长为先的皇室传统，所以迟迟下不了决心。
中平六年(公元一八九年)，灵帝病重，遗诏将刘协托付给宦官上军校尉蹇硕。四月，灵帝去世，立刘辨为帝，是为少帝。
何皇后也改称为何太后，临朝处理政务。但国家大权实际上已为何进掌握，从此，内宫宦官和朝中重臣展开了争权夺利的斗争。
先是何进捕杀蹇硕，接着是宦官张让、段等杀死何进，司隶校尉袁绍、虎贲中郎将袁术和何进的部将带兵反攻，一下子又杀宦官两千人。
张让、段圭等无力还击，劫持少帝和陈留王刘协逃去。尚书卢植率军追到后，杀死张让、段圭，又把少帝和刘协迎回宫内。
董卓自认为和收养刘协的董太后同族，加上刘协本身比刘辨有才能，于是从这时起，董卓就想废少帝，另立刘协为皇帝。
回到京城后，董卓的军队完全控制了局势。于是董卓逼着少帝策免了司空刘弘，自己身居其位。接着，董卓又以司空的身份召集百官开会，议改立陈留王刘协为皇帝。
百官们大惊失色，但慑于董卓的淫威，谁也不敢表示反对。第二天，董卓宣布废除少帝刘辨，立陈留王刘协为帝，是为献帝，时年9岁。从此，刘协开始了他作为傀儡皇帝的漫长生涯。
立献帝后，董卓自封为相国，后又加封为太师，完全控制了中央政权。董卓的军队在洛阳劫掠财物，奸**女，无恶不作。
次年即初平元年(公元一九零年)春天，各地的州郡牧守以讨伐董卓的名义纷纷起兵。
由于起兵的州郡都在关东(潼关以东)，所以史称“关东军”。许多地方豪强响应了这次起兵，带着自己的私兵万里相赴，自此正式拉开了东汉末年军阀混战的序幕。
关东军共推渤海太守袁绍为盟主，从北、东、西三面来包围洛阳。董卓因受关东军的威胁，挟持献帝由洛阳迁都长安。
这时，王允任司徒，主持具体政务。他表面上依附董卓，暗中心向汉室，身边聚集了一批朝中官员。
初平二年(公元一九一年)，关东诸侯为了争夺政治上的领导权，以袁绍、韩馥为首，倡议立幽州牧刘虞为帝。
但这个建议遭到袁术、曹操的反对，最后作罢。刘虞的儿子刘和在长安献帝处任侍中，献帝想凭借关东军的力量还都洛阳，以摆脱董卓的控制，就派刘和潜出武关求援。
但这时关东州郡牧守正热衷于互相兼并以壮大自己的力量，扩张地盘，无意西讨董卓。长安方面就转而依靠内部的力量来推翻董卓。
初平三年(公元一九二年)，司徒王允与司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、中郎将吕布密谋刺杀董卓。吕布本为董卓的亲信，两人曾结过义父子关系。
董卓性格暴烈，有一次吕布为一桩小事违背了董卓的意图，董卓拔出手戟就向吕布投去。
吕布慌忙躲开，事后又向董卓俯身请罪，才算作罢，由此二人有了隔阂。董卓被刺死后，王允录尚书事，吕布晋升为奋威将军，二人共同主持朝政。
王允得手后，骄傲自满，加上气量狭小，未能维持住关中的局势。不到一个月，公元一九二年六月一日，董卓部将李等人击败吕布，占领长安，杀死王允，控制了东汉政权。
李升为车骑将军、开府、领司隶校尉、假节、池阳侯，后李又升为大司马，郭汜为后将军、美阳侯，樊稠为右将军、万年侯，张济被封为镇东将军、平阳侯，外出屯驻在弘农。
兴平元年(公元一九四年)，三辅大旱，谷价腾贵，一斛谷值钱五十万，长安城中甚至发生了人吃人的事件。
刘协命令侍御史侯汶出太仓米豆煮粥救济百姓，但因为粮食不够仍然有很多人饿死。
刘协怀疑侯汶没有如实用全部粮食赈济灾民，而是趁机侵占公粮，于是派人取米、豆各五升在自己面前熬成粥，最后可以煮出两盆，证实是侯汶作弊，于是责打侯汶五十廷杖。之后长安城中饥民终于得到了救济。
兴平二年（公元一九五年），李杀樊稠而与郭汜相攻。刘协趁李、郭汜二人内讧之际逃出长安，在杨奉、董承等的护卫下，进驻安邑。
次年，时任兖州刺史的曹操迎接刘协入驻洛阳，刘协赐曹操节钺，标志着了曹操“奉天子以令不臣”的时代开始了。
随后曹操胁迫刘协迁都到许，改称许都。但刘协依然是一个没有实权的皇帝。
曹操虽然利用刘协来试图实现他统一华夏的目的，却不敢直接取代他而自立为皇帝。
兴平二年(公元一九五年)，李、郭汜发生内讧，在长安城中各自拥兵相攻。献帝派尚书、侍中去为李、郭二人和解，二人不从。
为了争得政治上的主动权，郭汜阴谋将献帝劫持到自己的军营，不料未等郭汜下手，消息已经走漏，李抢在前面，派兵将献帝、皇后、宫人及大臣们劫去。
李、郭汜相攻数月，死者万数，长安城几乎变成一片废墟。不久，献帝在原李部将杨奉、牛辅部曲董承等的护卫下，摆脱了李、郭的控制，逃往弘农。又辗转东行，于次年(建安元年，公元一九六年)到达洛阳。
这时中原地区袁绍和曹操两大势力正进行着频繁的政治和军事斗争。孙策占据了江东，刘表占据了荆州，刘璋割据益州，凉州为韩遂、马腾占有，公孙度盘踞辽东。
献帝东还，无疑是一面可利用的旗帜。曹操抢先率军进驻洛阳，取得了“挟天子以令诸侯”的地位。接着，他挟持献帝迁都许昌。
建安五年（公元两百年）刘协不满曹操大权独揽，不甘心作为傀儡，乃暗下衣带诏，令董贵人的父亲车骑将军董承设法诛杀曹操。
董承遂与左将军刘备、长水校尉种辑、将军吴子兰、王子服等一起密谋，结果事情败露，董承等人都被曹操诛杀，怀孕的董贵人也被绞杀。
伏皇后畏惧曹操，于是写信给她的父亲伏完，尽数曹操残暴不仁之事，希望伏完能够效仿董承，铲除权臣，但伏完始终未敢行动。
建安十九年（公元二一四年）伏皇后要求其父伏完诛杀曹操的密谋败露，曹操要挟献帝废黜伏皇后，并代献帝写好了废黜伏皇后的诏书。